Merkezimiz Milli Eğitim Bakanlığı'na bağlı olarak 3-16 yaş arası otistik çocuklara eğitim vermek üzere 22.10.2002 tarihinde Bakanlığımızın "Otistik çocukların eğitimi için geliştirdiği proje" dâhilinde pilot okul olarak Bursa Otistik Çocuklar Eğitim Merkezi adı altında açılmıştır. 2005 yılı itibariyle proje kapsamından çıkartılarak eğitim öğretime devam etmiştir. Merkezimiz 2006-2007 eğitim öğretim yılı başında BTSO Baha Cemal Zağra Otistik Çocuklar Eğitim Merkezi olarak yeni binasına taşınarak hizmete açılmış olup, otistik çocuklar için eğitim vermeye devam etmiştir.

Milli Eğitim Bakanlığımızın 05.07.2010 tarih ve B.08.ÖRG.0.73.05 00.160.01.01/3073 sayılı onayıyla İş Eğitimi merkezi unvanı da alan okulumuzda 2010-2011 eğitim öğretim yılı itibariyle 15-23 yaş arası otistik çocuklara mesleki eğitim verilmeye başlanmış ve kurum adı BTSO Baha Cemal Zağra Otistik Çocuklar Eğitim Merkezi ve İş Eğitim Merkezi olarak değişmiştir. 2012 yılında ise okul dönüşümleri nedeni ile BTSO Baha Cemal Zağra Özel Eğitim ve İş Uygulama Merkezi(Okulu) olarak değişmiş ve orta ağır düzeyde, otizm ve zihin engelli öğrencilere eğitim vermeye başlamıştır.

7/ Temmuz/ 2018 tarih ve 30471 resmi gazete sayılı Özel Eğitim Hizmetleri Yönetmeliği'ne dayanarak okulun adi 2018/2019 eğitim öğretim yılı itibariyle BTSO Baha Cemal Zağra Özel Eğitim Uygulama 1.2.3.Kademe Okulu olarak değişmiş ve orta ağır düzeyde, otizm ve zihin engelli öğrencilere eğitim vermeye başlamıştır.